Podczas II wojny światowej obiekty klubowe przejęte były przez okupanta i ulegały systematycznej dewastacji. Piłkarze Garbarni rozgrywali jednak mecze, mimo surowego zakazu władz okupacyjnych. Za uprawianie sportu groziły wówczas Polakom drastyczne kary z zamknięciem w obozie koncentracyjnym włącznie. Nie przeszkodziło to w zorganizowaniu profesjonalnych rozgrywek z udziałem niejednokrotnie licznie zgromadzonej publiczności. Brązowi rywalizowali w ramach konspiracyjnych Okupacyjnych Mistrzostw Krakowa i zajmowali w nich dwukrotnie 3 miejsce (w 1940 i 1943 roku).

W roku 1945 Garbarnia zwyciężyła wszystkie 10 spotkań eliminacyjnych do krakowskiej Klasy A, zdobywając 73 bramki i nie tracąc żadnej, zaś w nastepnym 1946 roku zwyciężyła krakowską Klasę A i po barażu awansowała do eliminacji do tworzonej na nowo Ligi ogólnopolskiej. Ważnym sukcesem ludwinowskiej jedenastki było zwycięstwo bezpośrednio po zakończeniu okupacji niemieckiej w turnieju o puchar Wydziału Spraw Sędziowskich Krakowskiego Okręgowego ZPN. 27 maja 1945 roku Garbarnia pokonała na stadonie Wisły Cracovię 4:2.

W sezonie 1947 Garbarnia zajęła w swojej grupie eliminacyjnej do Ligi drugie miejsce, ustępując jedynie późniejszemu mistrzowi Polski Warcie Poznań (z którą notabene wygrała mecz domowy 3:1).

W roku 1948 Garbarnia występowała w I Lidze, jednak nie może zaliczyć tego sezonu do udanych. Zajęła dopiero dwunaste miejsce na czternaście drużyn i spadła do II ligi. Stadion Garbarni był jednak areną decydującego o tytule mistrzowskim meczu. Ponieważ w rozgrywkach ligowych dwie inne krakowskie drużyny: Wisła i Cracovia zdobyły tyle samo punktów o mistrzostwie zgodnie z regulaminem decydował dodatkowy mecz. 5 grudnia 1948 roku Cracovia pokonała Wisłę 3:1 na stadionie przy ul. Barskiej i zdobyła swój ostatni, jak dotąd, tytuł mistrza Polski. Zachował się nakręony przez PKF reportaż filmowy z tego spotkania.

Drugoligowa przygoda brązowych nie trwała jednak dłużej, niż było to niezbędne do powrotu na najwyższy poziom rozgrywek a ludwinowski zespół zapisał się w annałach historii sezonem bez porażki w 18 meczach. W 1949 roku nastapiła pierwsza z licznych, na szczęście przejściowych zmian organizacyjnych w klubie. Garbarnia została przyłączona do do zrzeszenia sportowego i od tej pory występowała pod nazwą "Związkowiec Kraków".

Zmiany spowodowane stalinizacją wszelkich obszarów życia w Polsce nie ominęły również innych zasłużonych drużyn. Z dnia na dzień przekreślono tradycje i tak: Wisła Kraków stała się Gwardią Kraków, Ruch Chorzów - Unią Chorzów, Lech Poznań - Kolejarzem Poznań, Cracovia - Ogniwem Kraków, Polonia Warszawa - Kolejarzem Warszawa, Łódzki KS - Włókniarzem Łódź, Warta Poznań - Związkowcem Poznań itd. Piłkarscy kibice oczywiście tych zmian nie uznawali i w dalszym ciągu dopingowali swoje zespoły pod ich tradycyjnymi nazwami.

Sezon 1950 przyniósł Garbarni (Związkowcowi) 6. miejsce w rozgrywkach. Rok później ludwinowska drużyna znów spadła do II ligi po zajęciu przedostatniego 11. miejsca w ekstraklasie i wyprzedzeniu tylko Arkonii Szczecin (wtedy Gwardii). Większym sukcesem brązowych było dotarcie do ćwierćfinału Pucharu Polski, w którym krakowianie ulegli późniejszemu finaliście Wiśle (Gwardii) Kraków. W tym samym 1951 roku zrzeszenie Związkowiec zostało rozwiązane a drużyna z Ludwinowa walcząca o powrót do I ligi wraz Koroną Kraków utworzyła Koło Sportowe pod nazwą "Włókniarz Kraków". Fuzja z Koroną potrwa do 1971 roku a oba kluby połączy jeszcze dodatkowo późniejszy okres "bezdomności" Garbarni, gdy po utracie własnego boiska klub z Ludwinowa musiał korzystać z gościny obiektu Korony przy ul. Parkowej.

W sezonie 1952 Garbarnia (Włókniarz) zwyciężyła w swojej grupie II ligi, jednak w barażu o awans do I ligi okazała się słabsza od Odry (Budowlanych) Opole przegrywając w meczu wyjazdowym 2:3 i remisując na stadionie przy ul. Barskiej 1:1.

Kolejny rok był już znacznie słabszy. Garbarnia (Włókniarz) w drugoligowych zmaganiach zajęła dopiero 10 miejsce zaledwie lepszą różnicą bramek niż kolejne w tabeli zespoły zapewniając sobie pozostanie na tym poziomie rozgrywek. Poszerzenie składu I ligi pozwoliło Garbarni awansować do niej w następnym sezonie (1954) po zajęciu 3. miejsca w II lidze za Zagłębiem (Stalą) Sosnowiec i Lechią (Budowlanymi) Gdańsk. Brązowi ostatni raz jak dotąd wywalczyli promocję do ekstraklasy.

W sezonie 1955 znów jako KS Garbarnia piłkarze z Ludwinowa zajęli wysokie 6. miejsce w tabeli ze stratą pięciu punktów do mistrza Polski - Legii Warszawa. Był to ostatni występ Garbarni na tak wysokim poziomie. Rok później brązowi zajęli dwunaste - ostatnie miejsce w I lidze, do której po tym spadku jak dotąd nie udało im się nigdy więcej powrócić. W tym samym roku 1956 drużyna Garbarni odbyła tournee po Chińskiej Republice Ludowej notując dobre wyniki: m.in. dwukrotnie 2:1 pokonała reprezentację Armii Chinskiej, zremisowała bezbramkowo z drużyną pekińskiej Akademii Wychowania Fizycznego, zremisowała 1:1 z reprezentacją Szanghaju, pokonała 4:0 reprezentację Czungkingu i przegrała nieznacznie 2:3 z młodzieżową reprezentacją Chińskiej Republiki Ludowej.