W 1990 roku Garbarnia wróciła na Ludwinów i od tego czasu występuje na własnym stadionie przy ul. Rydlówka 23. Pięciotysięczny obiekt już w chwili, gdy został oddany do użytku Brązowym nie był najnowocześniejszy (był budowany kilkanaście lat a jego projekt z lat 70-tych nie uwzględniał takich parametrów jak np. komfort czy bezpieczeństwo widzów). Rzeczą oczywistą jest więc, że dziś, dwadzieścia lat później, nie spełnia ani wymogów licencyjnych wyższych klas rozgrywkowych ani aspiracji zasłużonego i ambitnego klubu z tak bogatą historią i tradycjami. Degeneracja stadionu, nietkniętego z powodów finansowych i organizacyjnych poważniejszymi inwestycjami przez ten czas, postępuje nieubłaganie. Pewnym światełkiem w tunelu jest zaprezentowany wiosną 2009 roku projekt budowy nowego obiektu spełniającego standardy nowoczesnego stadionu piłkarskiego na miarę aspiracji piłkarzy, działaczy i kibiców z Ludwinowa.

Sezon 1994/95 był znów nieudany dla Garbarni. Zajęcie dopiero 15 miejsca na finiszu rozgrywek, z jednopunktową zaledwie stratą do bezpiecznej strefy, oznaczało spadek do IV ligi. Tak nisko brązowo-biali nie grali od 1923 roku. Powrót do III ligi nastąpił jednak już sezon później. Garbarze efektownie rozprawili się z czwartoligowym towarzystwem w 34 meczach strzelając rekordowe w historii klubu 106 bramek.

Po powrocie do III ligi Garbarnia pozostała w niej dwa sezony. W pierwszym (1996/97) zajęła solidne dziesiąte miejsce. W następnym pomimo zajęcia wysokiej ósmej lokaty wśród osiemnastu drużyn Garbarze spadli do IV ligi, ponownie stając się niejako "ofiarą" reorganizacji rozgrywek. Na czwartym poziomie rozgrywek Brązowi pozostaną przez kolejne kilkanaście lat.

W następnych sezonach Garbarnia zajmowała miejsca: czwarte (98/99), siódme (1999/2000), drugie (2000/01) i ponownie siódme (01/02). Kolejne sezony oznaczały walkę w czołówce rozgrywek o powrót do III ligi. W sezonie 2002/2003 Garbarnia zajęła trzecie miejsce za rezerwami Wisły Kraków i MKS Trzebinia/Siersza. Rok później brązowi ukończyli sezon na takiej samej lokacie ustępując Kmicie Zabierzów i Dalinowi Myślenice.

W sezonie 2004/2005 Garbarnia nie miała sobie równych w swojej grupie IV ligi, ale kolejny raz nie wystarczało to regulaminowo do awansu. Potrzebne było pokonanie w barażu Kolejarza Stróże. W pierwszym spotkaniu na Rydlówce triumfowała Garbarnia 2:1. W rewanżu w Stróżach lepsi okazali się gospodarze 2:0 i to oni cieszyli się z awansu do wyższej klasy. Kolejna próba nie przyniosła powodzenia już na etapie ligowym. Garbarze zajęli drugie miejsce w swojej grupie IV ligi za Puszczą Niepołomice, która tak jak Garbarnia rok wcześniej w barażach nie zdołała pokonać rywala (tym razem Okocimskiego Brzesko).

W następnym sezonie 2007/2008 miała miejsce kolejna reorganizacja rozgrywek, która o mały włos nie pociągnęła za sobą spadku Garbarni do piątego poziomu rozgrywkowego. W związku z reformą wszystkich lig na czwartym poziomie pozostawało bezpiecznie tylko sześć z osiemnastu zespołów. Garbarni udało się zająć 6 miejsce w szczęśliwych okolicznościach, wyprzedzając MZKS Alwernia różnicą wyników bezpośrednich spotkań. Wraz z tą ostatnią zmianą formuły rozgrywek nastąpił "awans bez gry" większości drużyn będących w podobnej sytuacji jak Brązowi.

Od sezonu 2008/2009 Garbarnia grała w ramach III ligi małopolsko-świętokrzyskiej. W pierwszym sezonie Garbarze walczyli o awans, jednak słabsza dyspozycja w meczach z kilkoma niżej notowanymi rywalami spowodowała, że zajęli ostatecznie siódme miejsce. Po wielu latach Garbarnia spotkała się znów z Hutnikiem Kraków w meczach derbowych (0:0 na Rydlówce i 1:1 na Suchych Stawach). Brązowi postarali się o kilka bardzo optymistycznych wyników w pojedynkach z czołówką tabeli (dwa remisy z LKS Nieciecza, wyjazdowe zwycięstwo nad rezerwami Korony Kielce), jednak nie udało im się przekuć tych rezultatów na efekt w postaci promocji do II ligi.

W sezonie 2009/2010 Garbarnia w rundzie jesiennej spisywała się raczej słabo i zajęła przed przerwą zimową dopiero 10. lokatę. Wiosna należała jednak do Brązowych, którzy po imponującym pościgu ustąpili na finiszu tylko Puszczy Niepołomice. Stabilna choć niezbyt szeroka kadra Garbarni i udane decyzje taktyczne trenera Krzysztofa Szopy przyniosły m.in. zwycięstwo w derbach z Hutnikiem na Suchych Stawach 4:2, wygraną na boisku Unii w Tarnowie 2:0 a także triumfy we wszystkich wiosennych pojedynkach na stadionie, przy ul. Rydlówka, gdzie Garbarze byli niepokonani od października 2009 do maja 2011 roku.

Wicemistrzostwo III ligi rozbudziło w kibicach nadzieje na awans w kolejnym sezonie. Garbarnię szczęśliwie omijały kłopoty finansowe i organizacyjne na taką skalę, jak występujące w innych trzecioligowych klubach. Klub prowadził rozbudowane szkolenie młodzieży (znaczną część składu Garbarni stanowili wychowankowie), co przy wzmocnieniach przed kolejnym sezonem pozwalało liczyć na to, że sezon 2010/2011 przyniesie walkę o upragniony od tak wielu lat powrót do II ligi.

Już w okresie przygotowawczym latem 2010 roku wiadome było, że dla Brązowych celem jest tylko awans. Wzmocniony przed startem rozgrywek kilkoma utalentowanymi młodzieżowcami oraz wracającymi do Garbarni a już znającymi smak II ligi braćmi Marcinem i Mateuszem Siedlarzami zespół z Ludwinowa rozpoczął sezon udanymi występami i od samego początku należał do ścisłej czołówki tabeli. Jesienią udało się odeprzeć ataki beniaminków z Libiążą, Muszyny i Nowego Wiśnicza, zajmując po półmetku pierwszą lokatę.

Wiosnę Garbarze rozpoczęli od czterech zwycięstw. Stabilny skład, świetna forma strzelecka Bartosza Praciaka (król strzelców III ligi z 21 bramkami w sezonie) i dobra postawa obrony z młodym Adrianem Jękotem między słupkami sprawiły, że nawet znakomita forma ścigających zawzięcie Brązowych graczy tarnowskiej Unii nie była w stanie przeszkodzić krakowianom w awansie. Jedyną niewiadomą było to, jak szybko Garbarnia zapewni sobie promocję do II ligi.

Garbarnia przypieczętowała awans już trzy kolejki przed końcem pokonując u siebie Szreniawę Nowy Wiśnicz 2:1. Potknięcie "Jaskółek", a także uzyskane walkowerem z wycofanym z rozgrywek Kmitą, sprawiły, że Brązowi już 8 VI 2011 roku świętowali powrót na trzeci poziom rozgrywek. Awans sportowy okazał się jednak dużym wyzwaniem organizacyjnym. Brązowi nie mogli w II lidze grać na swoim obiekcie, który nie spełnia wymogów licencyjnych tej klasy rozgrywkowej. Przed włodarzami naszego Klubu było bardzo dużo pracy aby Garbarnia podołała kosztom, jakie niesie ze sobą gra na szczeblu centralnym i związany z tym prestiż.

W czerwcu 2011 roku zarząd Klubu, ku zaskoczeniu wielu kibiców, zakończył współpracę z trenerem Szopą, który wprowadził Brązowych do II ligi. Nowym trenerem na Ludwinowie został były reprezentant Polski, Krzysztof Bukalski. Przed startem II ligi doszło do sporej rewolucji w składzie zespołu. Klub rozstał się z kilkoma piłkarzami, którzy nie znaleźli miejsca w drużynie nowego szkoleniowca a do Garbarni dołączyło kilku zawodników pozyskanych z innych klubów. Jesienią Garbarnia mecze domowe rozgrywała na Stadionie Suche Stawy w Nowej Hucie. 6 VIII 2011 roku mecz ze Świtem Nowy Dwó Mazowiecki pierwszy raz w historii Brązowi zagrali ligowy mecz domowy przy blasku sztucznego oświetlenia.

Pierwsza runda wypadła dla Garbarni nadzwyczaj słabo, ale udane występy i zwycięstwa w końcowej jej fazie sprawiły, że trener Bukalski został obdarzony dalszym zaufaniem włodarzy Klubu pomimo zaledwie przedostatniej lokaty. Wiosną Brązowi musieli skorzystać z gościny stadionu Wawelu, ponieważ obiekt Hutnika został bazą treningową reprezentacji Anglii przed Mistrzostwami Europy 2012. Na obiekcie przy ulicy Podchorążych Garbarni szło lepiej, ale do przedostatniej kolejki Brązowi musieli bronić się przed spadkiem. Po zwycięskim golu Tymoteusza Chodźki w dalekich Suwałkach Garbarze zapewnili sobie pozostanie na szczeblu centralnym na przynajmniej jeden kolejny sezon.